挑戰(zhàn)

伊利諾伊大學厄本那-香檳分校（UIUC）納米級分子動力學（NAMD）以及視覺分子動力學（VMD）都是功能強大且應用廣泛的工具軟件，它們被用于生物分子過程的模擬和可視化。模擬復雜的分子系統(tǒng)是一件耗時的工作，而且還需要使用巨大、復雜的計算機群集才能完成。

解決方案

為了提高性能，伊利諾伊大學厄本那-香檳分校的研究人員將“cionize”離子排列工具移植到了NVIDIA GPU計算解決方案上。其目的就是為運算生物學分子與離子的互動而加快計算量超大的內(nèi)核速度。通過移植，伊利諾伊大學厄本那-香檳分校的研究人員在離子模擬方面獲得了比18顆CPU的群集高出100多倍的速度提升（以CPU總時間對比GPU總時間為基礎計算得出）。

采用一臺三顆GPU的工作站時，類似的視覺分子動力學工具中的時均化靜電運算達到了705 Gigaflops的浮點性能。這種超高的性能讓所有生物學研究人員的工作站均能夠達到等同于計算群集的計算能力。

影響

有了GPU計算，這些分子模擬就不再受到群集的服務器空間限制了。通過在個人實驗室的工作站以及臺式機上運行模擬，項目不再因計算資源稀缺而互相爭搶。與從前只能排隊等待處理相反的是，研究人員在需要時可及時獲得運算結(jié)果。

而且，大型服務器群集擁有了GPU之后，更復雜的難題就能夠得以解決。而這種計算能力一年前還只是一個夢想。

納米級分子動力學與NVIDIA計算解決方案的結(jié)合是前沿技術(shù)研究與軟件開發(fā)的珠聯(lián)璧合，其目的就是利用全國最快的超級計算機來解讀活體細胞的最小組件。這些全新的計算工具正在加速藥品研究以及解釋生物進程中其它至關(guān)重要的研究步伐。

如需了解更多信息，敬請訪問: http://www.ks.uiuc.edu/
如需了解有關(guān)NVIDIA GPU計算解決方案的更多信息，敬請訪問 http://www.nvidia.cn/object/tesla_computing_solutions_cn.html。